Kościół pod wezwaniem św. Marii Magdaleny zbudowany został ok. roku 1461. Posiadał murowane prezbiterium i drewnianą nawę. Utrzymany był w stylu gotyckim.

Od wieku XVI pełni rolę kościoła parafialnego.

W roku 1738  został mocno strawiony pożarem. Dzieło jego odbudowy zapoczątkował w latach 1742 – 1747 Józef Mniszech – marszałek wielki koronny. Kontynuował je na wielką skalę w latach 1764 – 1765 Jerzy Wandalin Mniszech – marszałek nadworny koronny i starosta generalny wielkopolski z małżonką Marią Amalią z Brühlów Mniszchową. Dobudowano wówczas duże kaplice boczne, a wnętrze kościoła otrzymało rokokowy wystrój i wyposażenie. Prace te odmieniły całkowicie kościół nadając mu wielkopałacowy wygląd, który został zachowany do dzisiaj.

Planów dostarczył prawdopodobnie Gaetano Chiaveri (1689 – 1770) – twórca dworskiego kościoła w Dreźnie i przebudowanego za czasów Augusta III zamku królewskiego oraz pałacu Brühlów w Warszawie  albo Johann Friedrich Knöbel (1724 – 1791) – autor skrzydeł pałacu Brühlów w Warszawie lub też Jan Krzysztof Knüffel – architekt Sasów. Wykonawcą tych planów był nadworny architekt Mniszchów Leonard Andrys.

Pożary w latach 1810 i 1885 zniszczyły dach na kościele i dzwonnicy. Po pożarze w roku 1885 dach pokryto blachą (dotąd był kryty gontem) i naprawiono uszkodzone częściowo wnętrze kościoła. W roku 1905 kościół został odremontowany przez Męcińskich.

We wrześniu 1944 roku dwie bomby trafiły w kościół, zapaliły dach oraz przebiły jego sklepienie. Zniszczeniu uległ wystrój wnętrza świątyni oraz całkowicie  barokowe organy. W roku 1945 pokryto kościół nowym dachem i naprawiono dziury w sklepieniu.

W latach 1963 – 1967, 1989 – 1991 oraz 1997 – 2007 dokonano całkowitej konserwacji polichromii ściennej, ołtarzy i drewnianych elementów dekoracyjnych, wymieniono poszycie dachu na miedziane. Usunięto późniejsze przemalowania i przywrócono oryginalną polichromię ścian i ołtarzy.

Dziś jest najcenniejszym zabytkiem Dukli. Zwany „perłą rokoko” przyciąga miłośników sztuki i koneserów piękna ukrytego w obiektach sakralnych. Jest unikatem nie tylko w skali Polski, ale także Europy.

Grupy bądź osoby pragnące zwiedzać świątynię i dowiedzieć się więcej na jej temat proszone są o wcześniejszy kontakt pod nr. tel. 507 009 006